Drzewa rozwoju to system dający pełną swobodę dla graczy i możliwość osiągnięcia wielu umiejętności, co zajmuje jednak dużo czasu. Każdy Shinobi zaczyna rozgrywkę bez żadnej cechy i już na początku rozgrywki ma możliwość wyboru jednej z dwóch dróg rozwoju:
- Gałąź Taijutsu (T)
- Gałąź Chakry (C)

Podstawy każdej z gałęzi osiąga się już w Akademii, a dalszy rozwój zależy jedynie od woli gracza.
Każda ze zdolności posiada swoje unikatowe drzewko i podział na wiele gałęzi, co pozwala osiągnąć ogromną różnorodność umiejętności.
Drzewka rozwijane są od dołu (podstawy) do góry (szczytu). Tak więc aby zdobyć wyższą cechę, należy posiadać już niższą, od której odchodzi odnoga do komórki nas interesującej (chcąc osiągnąć A2 Drzewa natury chakry nalezy posiadać cechę A1 itd)
Żeby zdobyć daną cechę należy także spełnić jej wymogi i zgłosić to w wątku Prośby o rozwój.
Często bywa tak, ze dodatkowo należy osiągnąć konkretną cechę innego drzewka rozwoju - co widać na gałęziach głównych (taijutsu i chakry), lub jest uwzględnione w wymaganiach.

Wymagania zaczynają się zaliczać do zrealizowanych dopiero jeśli posiadamy cechę tuż pod tą, którą chcemy zdobyć (aby naliczały się wymagania do cechy A5  Drzewa natury chakry, musimy posiadać cechę A4).

Zrealizowane wymagania, które zostały wykorzystane na odblokowanie dowolnej cechy przepadają i nie mogą być ponownie wykorzystane (Mając zrealizowane 40 dawek treningowych walki wręcz i wykorzystując je na zakup cechy, która ich wymaga, kolejne dawki treningowe walki wręcz naliczane są od 0).

Wymaganie dotyczące walk odnosi się do walk nie tylko z graczami, ale także z NPC.

System zwiększana wymagań między drzewami

Należy pamiętać o tym, że wybór jednego drzewka sprawia, ze postać skupia się na danej ścieżce rozwoju, a rozwój innych zdolności może być utrudniony.
W takim wypadku wybór cechy A1 jednego drzewka powoduje zwiększenie o 100% wymagań całego innego drzewka (podanego w odpowiednim wątku).
Jeżeli wybrane zostaną 2 drzewka, które zwiększają wymagania tego samego drzewa - wymagania trzeciego rosną o 200%.

Istnieją wyjątki od tej reguły i w każdym przypadku jest to dokładnie uwzględnione w wątku z danym drzewkiem.

Wybór danego drzewka zwiększa wymagania tylko niektórych, ściśle określonych drzew.
Każda zdolność posiada nad swoim drzewkiem listę umiejętności, których rozwój będzie utrudniony.

Przykład:
Gracz wybiera cechę A1 Kenjutsu.
Wymagania drzewa Walki Wręcz zostają zwiększone o 100%, gdyż jest to uwzględnione w wątku Kenjutsu.
Gracz osiąga następnie cechę A1 Walki Wręcz.
Wymagania drzewa Walki na Dystans zostają zwiększone o 200%, gdyż jest to uwzględnione zarówno w wątku Kenjutsu jak i Walki Wręcz.

System zwiększana wymagań wewnątrz drzew

Większość drzew składa się z licznych gałęzi zapewniających różnorodność graczy. Istnieje możliwość osiągnięcia wszystkich cech danego drzewa (chyba, ze w wątku drzewka jest uwzględnione inaczej), wymaga to jednak czasu.
Wybierając cechę gałęzi drzewka, należy pamiętać o tym, że wymagania reszty cech o tym samym numerze, ale innej literze (tylko jeżeli znajdują się na tej samej wysokości) zostają zwiększone o 100%. Wybór drugiej gałęzi zwiększa wymagania kolejnej o 200% itd.
Nie dotyczy gałęzi A

Istnieją wyjątki od tej reguły i w każdym przypadku jest to dokładnie uwzględnione w wątku z danym drzewkiem.

Przykład:
Drzewko Kenjutsu - posiadając cechę B1, wymagania cech C1 i D1 rosną o 100%.
Posiadając cechę B2 i C2, wymagania cechy D2 rosną o 200%.

Zdolności Klanowe

Istnieje lista umiejętności wymagających przynależności do klanu. Wybór jednej z nich uniemożliwia rozwój jakiegokolwiek innego drzewa z tej listy:
- Sharingan (klan Uchiha)
- Mokuton (klan Senju)
- Byakugan (klan Hyuuga)
- Shikotsumyaku (klan Kaguya)
- Walka ze Zwierzęciem (klan Inuzuka)
- Suika no Jutsu (klan Hozuki)
- Zdolność klanu Nara (klan Nara)
- Zdolność klanu Akimichi (klan Akimichi)
- Zdolność klanu Yamanaka (klan Yamanaka)
- Kikaichū no Jutsu (klan Aburame)
- Hyōton (klan Yuki)

Osiągnięcie zdolności więcej niż jednego klanu jest możliwe jedynie przez eksperymenty i przeszczepy.

Drzewa unikalne

Istnieje lista umiejętności unikalnych, których zdobycie wymaga konkretnej fabularnej sytuacji. Osiągniecie tych drzew wymaga zaangażowania w poszukiwania fabularne. Spotykanie się z dana sytuacja zależy od MG prowadzącego.
Lista drze unikalnych:
- Kumo
- Shikigami no Mai
- Jiongu
- Kult Jashina

Osiągnięcie jednego z podanych drzew uniemożliwia rozwój innego z tej listy.